Seit 1929 führt die Gemeinde das Wappen der von 1279 bis anfangs des 15. Jahrhunderts nachgewiesenen Herren von Heimenstein, deren Burg und Grundbesitz im Gemeindebann lag. Das Wappen gleicht demjenigen des wohl stammverwandten Winterthurer Schultheissengeschlechts von Sal und erinnert an das Pferd Bahard in der französischen Sage von den Haimonstindern. Seuzach gehörte von 1424 bis 1798 zur zürcherischen Landvogtei Kyburg.